U.C. 0105, dodici anni dopo la Ribellione di Char.

"Mafty" è il nome dell'organizzazione che ha iniziato a opporsi all'oppressivo Governo della Federazione Terrestre assassinando i suoi alti funzionari. La vera identità del suo leader è Hathaway Noa, figlio di Bright, che aveva combattuto al fianco di Amuro Ray durante la Guerra di un Anno.

Hathaway, tormentato da traumi del passato, incontra la misteriosa Gigi Andalucia, i cui poteri strani risvegliano vecchi ricordi. Sebbene confuso dalle sue parole, continua a preparare l'attacco alla Conferenza di Adelaide.

Nel frattempo, Kenneth Sleg delle Forze Federali prepara un'operazione di difesa e l'eliminazione di Mafty, quando riceve una proposta segreta da Handley Yoxon dell'Organizzazione di Polizia Criminale.

Mentre Hathaway e Kenneth agiscono per i loro obiettivi, anche Gigi parte per Hong Kong per compiere il suo ruolo.

Sono passati dodici anni dalla Seconda Guerra di Neo Zeon (la Ribellione di Char).

U.C. 0105——. La corruzione del Governo della Federazione Terrestre non solo ha accelerato l'inquinamento del pianeta, ma ha anche dato il via all'inumana politica della "Caccia all'uomo", deportando con la forza i civili nello spazio.

È in questo clima di oppressione che il movimento anti-Federazione "Mafty" ha dato inizio alla sua resistenza, con il drastico metodo di assassinare alti funzionari governativi. Il suo leader si fa chiamare "Mafty Navue Erin", ma la sua vera identità è quella di Hathaway Noa, figlio del colonnello della Federazione Bright Noa, veterano della Guerra di un Anno.

Hathaway, erede dei principi, degli ideali e della volontà di Amuro Ray e Char Aznable, cerca di forgiare il proprio cammino. Tuttavia, l'incontro con il colonnello della Federazione Kenneth Sleg e la misteriosa e affascinante Gigi Andalucia è destinato a cambiare radicalmente il suo destino.