In seguito al crollo del Destiny Plan proposto da Dullindal, che avrebbe deciso il destino delle persone in base alla genetica, Cagalli, Primo Rappresentante degli Emirati Uniti di Orb, si è adoperata per instaurare un nuovo ordine di pace fondando un'agenzia globale per il monitoraggio della pace chiamata COMPS.

C.E.74. La grande guerra è finita, ma Shinn non ha ancora deciso quale strada intraprendere. È in questo momento che un mobile suit, sopravvissuto a molte battaglie passate, viene trasferito da ZAFT alla base temporanea della COMPS sull'Isola di Onogoro. Quella notte,però, lo Strike Freedom Gundam viene trafugato da ignoti.

Per impedire che la situazione precipiti, per recuperare la macchina rubata e per il bene di tutto ciò che devono proteggere, Shinn e i suoi compagni si lanciano ancora una volta in battaglia...